تضطلع الوكالة المساعدة للصحة الوقائية بالعديد من المهام والمسؤوليات والتي منها:
- الإشراف على جميع أنشطة الإدارات التابعة للوكالة.
- إعداد وتنفيذ البرامج التدريبية الخاصة بالصحة الوقائية.
- إعداد السياسات والإجراءات الخاصة بالصحة الوقائية وتعميمها على الإدارات التابعة للوكالات.
- متابعة تأكيد السياسات والإجراءات.
- توفير قاعدة من المعلومات المبنية على البراهين في مجال الصحة الوقائية.
- إعداد الخطط والمساهمة فى رسم السياسات والاحتياجات المستقبلية للاستمرار في استئصال بعض الأمراض مثل شلل الأطفال، وإزالة بعضها الآخر مثل الحصبة والحصبة الألماني.
- إعداد برامج المكافحة لبعض الأمراض السارية مثل حمى الضنك وأمراض الكبد الفيروسية، وغير السارية مثل مرض السكري.
- الاستعداد المبكر لمجابهة الأمراض المستجدة والمنبعثة.
- عمل الرسائل التوعوية الخاصة بالأمراض بالتعاون والتنسيق مع إدارة التوعية الصحية بالوزارة.
- المشاركة فى تحديد الاحتياجات والأولويات الصحية عن طريق دراسات الوضع الحالي والمطلوب تحقيقه في المستقبل.
- التنسيق مع الإدارات العامة والجهات المختصة فى المديريات لتدريب منسقي الأمراض بها.
- وضع الدلائل الإرشادية الخاصة بالأمراض السارية وغير السارية طبقًا للطب المبني على البراهين