حاز مستشفى الثغر العام بجدة، (الاعتماد المؤسسي) من الهيئة السعودية للتخصصات الصحية بوصفه مركزًا تدريبيًّا، وذلك بعد تحقيقه معايير الاعتماد الخاصة. ويهدف الاعتماد المؤسسي إلى تسخير كافة الإمكانات الإدارية، والتعليمية، والسريرية بالمراكز التدريبية لأغراض التدريب في برامج الدراسات العليا الصحية المهنية (شهادة الاختصاص العام، أو زمالة التخصص الدقيق، أو الدبلوم المهني الصحي)، التي تشرف عليها الهيئة. كما يوفر الاعتماد بيئة تعليمية متميزة للمدربين والمتدربين مبنية على أسس التعليم الصحي؛ ليتمكن المتدرب من الحصول على تدريب عالٍ، يؤهله للممارسة المهنية الآمنة في مجال تخصصه.